Zyra e kërkimit shkencor është ngritur me qëllim mbikëqyrjen e aktiviteteve të përgjithshme kërkimore në institucion. Kjo zyrë harton dhe administron politikat që rregullojnë zhvillimin e kërkimeve në Kolegjit Universitar Bedër, dhe mbikëqyr zbatimin e programeve të tij të kërkimit. Ndër objektivat themelorë të kësaj zyre është dhe përmirësimi i produktivitetit kërkimor të institucionit dhe të zgjerojë impaktin  e rezultateve akademike të kërkimit në drejtim të rretheve akademike dhe komunitetit.

Kjo zyrë mbikëqyr procedurën e aplikimit dhe menaxhimit të projekteve kërkimore dhe harton planin strategjik të nevojshëm për mbarëvajtjen e punës kërkimore. Zyra ka për detyrë kordinimin, këshillimin, administrimin dhe ndjekjen e të gjitha veprimtarive që kanë të bëjnë me kërkimin shkencor dhe projektet.  Koordinimi i të gjitha veprimtarive kërkimore bëhet nga koordinatori në bashkëpunim të ngushtë me Rektorin, qendrat kërkimore dhe fakultetet. Kjo zyrë ofron mbështetje për të aplikuar dhe fituar projekte dhe fonde kërkimore si dhe menaxhon veprimtaritë e këtyre projekteve/fondeve. Zyra e kërkimit shkencor ofron mbështetje procedurale për zhvillimin profesional të stafit akademik dhe arkivon aplikimet e realizuara për projekte të ndryshme dhe projektet e fituara. Gjithshtu, kjo zyrë koordinon organizimin e vlerësimit të punës kërkimore të stafit akademik; si dhe koordinon bazën e të dhënave të punës kërkimore dhe të projekteve në universitet.